Alliniadura de secuencies

Un alliniadura de secuencies en bioinformática ye una forma de representar y comparar dos o más secuencies o cadenes d'ADN, ARN, o estructures primaries proteicu pa resaltar les sos zones de semeyanza, que podríen indicar rellaciones funcionales o evolutives ente los xenes o proteínes consultaos. Les secuencies alliniaes escribir coles lletres (representando aminoácidos o nucleótidos) en files d'una matriz nes que, si ye necesariu, inxertar espacios por que les zones con idéntica o similar estructura allíniense.

Anque les bases nucleotídicas del ADN y ARN son más similares ente sí que colos aminoácidos, el caltenimientu del empareyáu de bases podría indicar papeles funcionales o estructurales similares. L'alliniadura de secuencies puede utilizase con secuencies non biolóxiques, como na identificación de semeyances en series de lletres y pallabres del llinguaxe humanu o n'analís de datos financieros. Ente los algoritmos más populares basaos na comparanza d'estructures primaries de proteínes, tienen de destacar l'algoritmu Needleman-Wunch, l'algoritmu Smith-Waterman, BLAST y FASTA

Secuencies bien curties o bien similares pueden alliniase manualmente. Aun así, los problemes más interesantes precisen alliniar secuencies llargues, bien variables y desaxeradamente numberoses que nun pueden ser alliniaes por humanos. La conocencia humana aplícase principalmente na construcción d'algoritmos que produzan alliniadures d'alta calidá, y dacuando afaciendo el resultáu final pa representar patrones que son difíciles d'introducir n'algoritmos (especialmente nel casu de secuencies de nucleótidos). Los aproximamientos computacionales a l'alliniadura de secuencies estremar en dos categoríes: alliniadura global y alliniadura local. Calcular una alliniadura global ye una forma d'optimización global que "fuercia" a l'alliniadura a ocupar el llargor total de toles secuencies introducíes (secuencies problema). Comparativamente, les alliniadures locales identifiquen rexones similares dientro de llargues secuencies que de normal son bien diverxentes ente sigo. De cutiu prefiérense les alliniadures locales, pero pueden ser más difíciles de calcular porque s'añader el desafíu d'identificar les rexones de mayor semeyanza. Aplíquense gran variedá d'algoritmos computacionales al problema d'alliniadura de secuencies, como métodos lentos, pero d'optimización, como la programación dinámica, y métodos heurísticos o probabilísticos eficientes, pero non exhautivos, diseñaos pa busca a gran escala en bases de datos.